Тихонов, С. Л. Разработка с использованием молекулярной пептидной трансплантации потенциального нейропротекторного биопептида [] = Design of potential neuroprotective biopeptide using molecular peptide transplantation / С. Л. Тихонов, Н. В. Тихонова // Вестник Восточно-Сибирского государственного университета технологий и управления = ESSUTM Bulletin. - 2024. - № 1 (92). - С. 53-61. - Библиогр. в конце ст. . - ISSN 2413-1997
Рубрики: Биотехнология--Пептиды Кл.слова (ненормированные): нейропротекторные свойства -- аминокислотная последовательность -- гидрофобность -- молекулярная пептидная трансплантация -- neuroprotective properties -- amino acid sequence -- hydrophobicity -- molecular peptide transplantation -- Тихонов, С. Л. -- Tikhonov, S. L. -- Тихонова, Н. В. -- Tikhonova, N. V. Аннотация: Целью исследований являлась разработка с использованием метода молекулярной пептидной трансплантации (МПТ) нового пищевого нейропротекторного биопептида на основе анализа литературных источников, баз данных о биофизических свойствах и биологической активности пептидов. В качестве объектов исследований использованы последовательности аминокислотных остатков пептидов с доказанными нейропротекторными свойствами. Прогнозирование биологической активности разработанного биопептида проводили с помощью базы данных Peptide Ranker (http://distilldeep.ucd.ie/PeptideRanker), информацию о каркасах циклических пептидов, устойчивых к протеолизу, получали в базе данных Cybase (http://www.cybase.org.au), идентификацию биопептида осуществляли по базе EROP-Moscow (http://erop.inbi.ras.ru/index.html), оценку биофизических свойств разработанного биопептида проводили с помощью калькулятора свойств пептидов PepCalc (http://pepcalc.com) и базы данных APD 3 (https://aps.unmc.edu/home). Разработан нейропротекторный интерферирующий пептид путем предварительного получения каркаса на основе циклотида с последующей вставкой короткого пептида HFRWPGP в каркас методом МПТ. Разработанный пептид имеет следующую последовательность аминокислотных остатков: PCRRRCHFRWPGPCRGRCP, обладает высокой биологической активностью равной 0,89. Гидрофобность пептида по Уимли Уайту в целом остатке равна 2,91, следовательно, пептид хорошо растворим в воде. Потенциал связывания с белками (индекс Бомана) высокий и равен 4,3 ккал/моль, что свидетельствует о его способности связываться целевыми рецепторами. The present research is focused on design of new nutritional neuroprotective biopeptide, using method of molecular peptide transplantation (MPT) based on analysis of literature sources, databases on biophysical properties and biological activity of peptides. The objects of the research are sequences of amino acid residues of peptides with proven neuroprotective properties. Prediction of biological activity of the developed biopeptide was carried out using the Peptide Ranker database (http://distilldeep.ucd.ie/PeptideRanker). Information on cyclic peptides frameworks that are resistant to proteolysis was obtained in the Cybase database (http://www.cybase.org.au), biopeptide identification was carried out using the EROP-Moscow database (http://erop.inbi.ras.ru/index.html), biophysical properties assessment of the developed biopeptide was carried out using the PepCalc peptide properties calculator (http://pepcalc.com) and APD 3 databases (https://aps.unmc.edu/home). A neuro-protective interfering peptide has been developed by preliminary preparation of a cyclotide-based framework followed by insertion of short HFRWPGP peptide into the framework by the MPT method. The developed peptide has the following sequence of amino acid residues: PCRRRCHFRWPGPCRGRCP, has high biological activity equal to 0.89. The hydrophobicity of the peptide according to Wimley-White in the whole residue is 2.91, therefore, the peptide is well soluble in water. The protein binding potential (Boman index) is high and is 4.3 kcal / mol, indicating its ability to bind to target receptors. Перейти к внешнему ресурсу: полный текст/full text Доп.точки доступа: Шалбуев, Д. В. \гл. ред.\; Shalbuev, D. V.; Тихонова, Н. В.; Tikhonova, N. V.; Tikhonov, S. L. |